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　特許出願がなされると、特許庁の審査官により審査が行われ、拒絶理由がなければ特許権の設定登録がなされます。特許異議申立制度は、特許付与後の一定期間に限り、広く第三者に特許の見直しを求める機会を付与し、申立があったときは、特許庁自らが当該特許処分の適否について審理し、当該特許に瑕疵があるときは、その是正を図ることにより、特許の早期安定化を図ることを目的としています。

　以下に特許異議申立の手続きの流れをフローチャートとともに説明いたします。


(1)特許出願がなされ、審査を通過し特許査定後に特許料を納付すると、特許権設定登録がなされます。

(2)設定登録後に、当該特許を掲載した特許公報が発行されます。

(3)特許公報の発行日から6か月以内に、誰でも当該特許に対し異議申立を行うことができます。二以上の請求項に係る特許については、請求項ごとに特許異議申立をすることができます。特許異議申立の理由は、特許法第113条 に規定された理由に限られ、それ以外を理由とすることはできません。主な異議理由としては、特許要件違反（新規性・進歩性なし、先後願違反、記載要件違反等）です。

(4)特許異議申立があった場合、特許庁は方式調査、特許権者への異議申立書副本送付等を行います。このとき、特許権者は異議申立に対して答弁する必要はありません。

(5)特許異議申立書に基づき、取消理由の有無を三人又は五人の審判官の合議体が審理及び決定します。審理は、全件書面審理によるものとされています。
　合議体が審理し、特許の取消理由があると判断したときは、特許権者に取消理由を通知し、相当の期間（標準 60 日（在外者 90 日））を指定して、意見書の提出及び訂正の機会を与えます。合議体が取消理由がないと判断したときは、特許を維持すべき旨の決定（「維持決定」）をします。
　特許権者は、取消理由が通知されたときは、上記期間内に意見書を提出することができるほか、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面（「明細書等」）の訂正を請求することができます。
　取消理由通知に対して特許権者から訂正請求がなされることなく意見書のみが提出された場合は、原則として、異議申立人に意見書の提出の機会を与えることなく審理がなされます。
　取消理由通知に対して訂正請求があったときは、異議申立人が希望しない場合又はその機会を与える必要がないと認められる特別の事情がある場合を除き、異議申立人は、相当の期間（標準 30 日（在外者 50 日））内に意見書を提出することができます。

(6) 上記を踏まえてさらに審理が行われ、依然として取消理由があると合議体が判断した場合は、２回目の取消理由通知（「取消理由通知（決定の予告）」）がなされます。これに対し、特許権者は、指定期間（標準 60 日（在外者 90 日））内に意見書の提出及び訂正請求をすることができます。

(7)　取消理由通知（決定の予告）に対しては、上記(5)と同様、特許権者から訂正請求があれば異議申立人に意見書提出の機会を与え、訂正請求がなければかかる機会を与えることなく、さらに審理が行われます。取消理由通知（決定の予告）記載の理由により特許を取り消すべきと判断できるときは取消決定がなされ、そうでない場合には維持決定がなされます。
　取消決定が確定したときは、特許権は初めから存在しなかったものとみなされます。
　取消決定に対しては、特許権者は、決定の謄本の送達があった日から 30 日以内に東京高等裁判所（知的財産高等裁判所）に訴えを提起することができます。
　維持決定に対して異議申立人は不服申立をすることができませんが、利害関係人の要件を満たす限り、別途、当該特許に対する無効審判を提起することが可能です。